至今遗尿症的病因仍不十分明确，近年的研究认为是多病因所致。

遗传因素

研究者很早就发现，许多遗尿症儿童的父亲或母亲乃至近亲亦有遗尿症患病史。最近马来西亚的一项流行病学调查显示：53%的原发性遗尿症儿童有家族史， 另外发现印度裔血统是遗尿症多发的高危因素，这些资料均提示遗尿症与遗传相关。有统计资料表明：如果父母双方儿童期均有遗尿症病史，其子女有70%将患遗尿症；如果父母一方儿童期有遗尿症病史，其子女有40%将患遗尿症；单卵双生儿如一方患遗尿症，另一方患病的可能性是68%。丹麦研究报道，遗尿症基因定位于13号染色体。这使遗尿症的病因研究从表型转向基因型。

睡眠觉醒障碍

大部分患儿夜间睡眠过深，难以唤醒。这种觉醒反应是随年龄的增长而逐渐完善的，遗尿症是这种发育过程的延迟或障碍所致。临床观察发现，这部分孩子体格发育较正常儿童延迟。据研究，当夜间膀胱充盈时，脑电图改变由深睡眠转入浅睡眠状态。位于脑桥的脑干神经元被认为是觉醒中心之一，由此推测，脑干神经元的功能障碍或膀胱到脑干神经元的传导通路障碍导致了无意识排尿行为。

抗利尿激素分泌节律失调

早在1985年，就有研究报告在少数遗尿症儿童中，其血浆ADH浓度存在不正常的节律性变化。正常儿童ADH的分泌存在日少夜多的周期性节律，在遗尿儿童中，这种节律存在紊乱甚至颠倒。由于这个发现，人们开始尝试将抗利尿激素应用于治疗儿童遗尿症，取得了较好的疗效。TAokawa等还对遗尿症儿童和正常儿童进行了24 h血浆ADH浓度的动态变化观察，结果显示遗尿症儿童血浆ADH水平明显较低，由于夜间ADH 分泌较低，使患儿产生大量夜间低渗尿液，成为原发性遗尿症的重要病因之一。

膀胱功能不良

膀胱功能不良是原发性遗尿症又一不可忽视的重要病因，在难治性遗尿症患者中，这一因素的影响尤其突出。研究发现86%的原发性遗尿症患儿存在不同类型的膀胱功能不良。这种异常并非解剖学上的，而是功能性的。原发性遗尿症的膀胱功能异常主要包括：逼尿肌不稳定、功能性膀胱容量减小、不同形式的逼尿肌括约肌不协调以及梗阻型排尿类型。在遗尿症患者中，部分患者仅出现夜间膀胱功能不良，而另一部分患者亦伴有白天膀胱功能不良症状，如尿频、尿急、尿失禁等。

在膀胱功能不良的各种类型中，夜间功能性膀胱容量减小与原发性遗尿症关系更为密切。夜间功能性膀胱容量是指在睡眠过程中，膀胱即将排尿时所能容纳的最大尿量，这反映了与睡眠过程相联系的膀胱储存尿液的能力。

心理学因素及发育延迟

原发性遗尿症属于一种多基因遗传病，其发生发展必然受环境中多种因素的影响。尽管某些精神疾病如精神发育迟滞、焦虑症导致的是继发性遗尿，但在原发性遗尿症的发生发展过程中，心理学因素起着重要的推进作用，譬如临床上常见遗尿症的患儿因家长责骂而表现为遗尿症状加重；在治疗中，情绪好、自信心强的患儿遗尿往往易于得到控制。也有学者认为遗尿症患儿的精神压抑或紧张焦虑只是患遗尿症的结果而非原因，这种观点今天应该得到纠正，至少心理学因素在原发性遗尿症的发生与发展过程中扮演了一定的角色。

另外，中枢神经系统的发育延迟亦被不少学者认为是原发性遗尿症的病因之一。由于发育延迟的因素，患儿未能习得夜间控制排尿的能力故而产生遗尿。这种延迟也是与遗传有关的一种外在表现。不少遗尿症儿童常伴有生长迟滞，认知障碍，大动作和精细动作协调性差等。