儿童自身的原因是由疾病引起的，这些疾病主要分布在三个部位：颅内、肾上腺和性腺（睾丸和卵巢）。颅内引起性早熟的疾病有肿瘤、脑脓肿、脑炎、脑积水、脑外伤、颅内手术、颅内放疗和化疗等。肾上腺引起性早熟的疾病有肾上腺肿瘤、先天性肾上腺皮质增生症等。睾丸引起性早熟的疾病有睾丸间质细胞瘤和家族性睾丸中毒病。卵巢引起性早熟的疾病有卵巢肿瘤和卵巢囊肿。另外，还有一些疾病如肝脏肿瘤、甲状腺功能低下等也可引起性早熟，只是较少见。一些药物如部分抗肿瘤药、异烟肼、酮康唑和性激素等也可引起性早熟。